L’origine del nome Carceri è ancora incerta: potrebbe risalire al termine "carceres", cioè piccole stalle, recinti per uno o più cavalli, anche se "carceres" significava pure pozzi per la raccolta dell’acqua; potrebbe derivare da càrceres, cioè piccola cella, con riferimento alle stanze con un letto ed inginocchiatoio che si affacciavano sui chiostri dell’Abbazia.

L’abbazia viene fondata nell’anno 1000 da un gruppo di Monaci Agostiniani, i quali nel 1189 consacrarono la chiesa che avevano edificato su una chiesa preesistente. Per tutto il Medioevo l’edificio subì danni dovuti alle scorrerie dei Barbari, bande armate e alle calamità naturali come le rotte dei fiumi le carestie le pestilenze.

Nel 1407 Papa Gregorio XII trasferì il possesso e la cura della chiesa e del monastero ai monaci Camaldolesi che la ressero fino al 1690. Fu il periodo di maggior splendore dell’Abbazia, che fu ampliata con l’aggiunta di due chiostri, si arricchì di una preziosa biblioteca che divenne centro di cultura per tutta la regione, costituì il polo propulsore di tutta una serie di attività di bonifica.

Nel 1643 un incendio distrusse le tre navate della chiesa, si salvarono il coro con gli stalli dei monaci, il presbiterio e le adiacenze. La parte distrutta venne subito ricostruita in stile barocco e benedetta nel 1686 da S. Gregorio Barbarigo.

Nel 1690 Papa Alessandro VII soppresse l’Abbazia di Carceri e mise i suoi ingenti territori all’asta per finanziare la Repubblica di Venezia nella guerra contro i Turchi. L’Abbazia, divenuta così proprietà della famiglia Carminati, venne trasformata in fattoria agricola; parte dei chiostri vennero abbattuti, le stanzette dei monaci vennero eliminate, i libri della biblioteca vennero dispersi e venduti, numerose opere d'arte asportate o alienate.

La chiesa, dopo la partenza dei monaci, venne affidata al clero della Diocesi di Padova.

Nel 1951 i conti Carminati donarono tutto il complesso edilizio (esclusa la foresteria) alla chiesa di Carceri.

Quanto è possibile oggi ammirare dell’Abbazia costituisce quindi appena la metà di quanto doveva essere l’intero complesso alla fine del ‘600.

Rimangono comunque l’ingresso con la torre risalente al 1450; la foresteria-albergo, lo spazio più imponente e architettonicamente più bello di tutta l’Abbazia con il pozzo del ‘300; la chiesa con alcune parti tra cui il battistero e il presbiterio risalenti al primo edificio costruito dagli Agostiniani verso il 1200, altre tra cui il coro e parte del campanile risalenti al 1300-1500 la navata risalente al 1600; la fonte battesimale con affreschi del 1400; il chiostrino del ‘200 con la fontana del ‘300; il grande chiostro del ‘500 con il pozzo ottagonale; la sala degli affreschi (ex biblioteca).