Nel primo anno di B Miccoli paga l'inesperienza e alcuni dissidi con il mister. L'ambiente non gradisce molto, infatti, il tecnico Cuccureddu. Sfortunato sarà poi il ritorno di Del Neri con 9 partite senza nessuna vittoria. Ma alla fine dopo tante sofferenze e l'arrivo di Guerini, arriva la salvezza all'ultima giornata grazie alla vittoria sull'Andria. Miccoli realizza una rete in 30 presenze
1998/99 SERIE B 13°

Anche l'anno successivo dopo una bella partenza ci sono momenti difficili per Miccoli e per la Ternana che, pur avendo buoni elementi in organico non riesce a tirarsi fuori dalle zone basse della classifica. Il campionato è altalenante e la Ternana si salva alla penultima giornata vincendo a Salerno. La partita contro la Fermana serve solo a risalire qualche posizione in classifica. Miccoli migliora il suo bottino. Realizza, infatti, 9 reti in 33 presenza e le "grandi" iniziano a tenerlo d' occhio.
1999/00 SERIE B 10°

Nel 2001 Miccoli non trova molto spazio da titolare, ma riesce comunque a dare una grossa mano al settimo posto dei rossoverdi. Realizza, infatti 7 reti in 23 presenze.
2000/01 SERIE B 7°

L'ultima stagione alla Ternana è quella della definitiva maturità. Miccoli realizza 15 reti in 34 partite, ma  nonostante ciò, la Ternana retrocede in serie B ma, grazie alla squalifica dal campionato cadetto della Fiorentina, viene ripescata.
2002/03 SERIE B 15°