Dopo il ritiro delle forze di intervento Federali dal sistema Bajoriano, le Forze di Difesa del Pianeta si assunsero la totale responsabilità di sorvegliare il proprio territorio.
Le navi si basano sulla vecchia tecnologia della Federazione e vengono costruite agevolmente nelle basi su Bajor VI.

Navi da incursione - Hidden Fighter. Piccoli veicoli interplanetari a sub-impulso che possono trasportare due persone. La Resistenza li utilizzava per attraversare il sistema Bajoriano durante l'Occupazione. Dieci anni dopo Kira Nerys e Jadzia Dax ne ritrovarono uno presso la base abbandonata di Lunar V.





Intercettori moderni - piccoli veicoli spaziali usati per perlustrare continuamente il sistema Bajoriano e le alte orbite del pianeta Bajor. Utilizzati dall'Esercito, essi sono dotati di sistema di propulsione a impulso, anche se normalmente questo tipo di propulsione non viene utilizzato al fine di evitare di inquinare l'atmosfera del pianeta. La forma appuntita della nave permette di opporre poca resistenza all'aria, e le ali sottili e aerodinamiche permettono in ogni momento una perfetta manovrabilità. L'interno della nave è compatto e privo di comodità.



Trasporto truppe - destinati al trasporto di materiale e personale militare, hanno dimensioni enormi rispetto agli intercettori normali (vedi illustrazione).



Classe Antares - navi prive di velocità warp il cui progetto era comunemente in uso presso differenti culture del 24mo secolo. Nel 2368 una nave di classe Antares fu usata come trappola per le forze Cardassiane, alle quali venne fatto credere che essa venisse utilizzata per il trasporto di un gruppo di terroristi Bajoriani da Valo I a Valo III. La nave era in realtà vuota, ma la sua distruzione confermò il sospetto che l'Ammiraglio della Federazione Kennelly fosse un collaboratore dei Cardassiani.

Classe Greer - convogli che agiscono in prima linea difensiva per DS9 e Bajor. Essi effettuano molto lavoro doganale per reprimere il commercio illegale e la pirateria in questa libera area portuale.

Classe Knox - incrociatori interplanetari che hanno la capacità di trasportare diverse squadre d'assalto. Nel 2370, durante il colpo di Stato attuato dal Cerchio, tre incrociatori di questo tipo comandati dal Generale Krim e dal Colonnello Day invasero Deep Space Nine. Attualmente l'ammiraglia della Difesa Aerea pattuglia costantemente il sistema quando non è impegnata nel trasporto di importanti personalità.

Classe Lotus - piccole navi da carico della Flotta Mercantile, addette al trasporto di merci al vicino centro commerciale di Cardassia e al Quadrante Gamma, basate sul modello standard delle navi Bajoriane.

Classe Monarch - Nave da carico. Ammiraglia della Flotta Mercantile, che è controllata dal Ministero del Commercio.

Scout Vessel - usato per spedizioni scientifiche, si basa sul modello standard dei vascelli Bajoriani, ma le sue dimensioni sono molto più piccole.