I Bajoriani sono una delle razze più antiche dell'Universo conosciuto. Questo popolo ha raggiunto l'apice della sua civilizzazione migliaia di anni prima di molte altre razze, compresi i Terrestri. Mentre questi ultimi vivevano ancora nelle caverne, i Bajoriani erano diventati grandi architetti, artigiani e filosofi, esportando la loro cultura in molti altri mondi. In questo periodo i Bajoriani erano un popolo pacifico, senza grandi problemi, con una religione unita e piuttosto presente nella vita quotidiana. Tutto questo era destinato a cambiare.
Con l'arrivo dei Cardassiani sul pianeta, che professavano intenzioni pacifiche di amicizia e scambio, iniziò un periodo di circa 60 anni di occupazione militare e schiavitù, anni in cui oltre 15 milioni di Bajoriani furono uccisi.
Cominciò così il declino di una grande civiltà.
La religione fu per questo popolo una salvezza, unendoli contro il nemico. Molto rapidamente si organizzò la Resistenza e nacquero piccole cellule di combattenti per la libertà, che avevano il compito di colpire gli oppressori. Per potersi tenere in contatto e scambiarsi informazioni queste cellule svilupparono un certo numero di semplici ma ingegnosi segnali segreti per inviare messaggi (per esempio girare un vaso in un negozio indicava il desiderio di parlare con un membro della Resistenza).
Durante questo periodo della storia Bajoriana avvennero due fatti particolarmente sanguinosi. Il massacro della Valle di Kendra, dove morirono 43 combattenti della Resistenza Bajoriana (tra i quali il figlio di Kai Opaka) ad opera della Milizia Cardassiana. L'accampamento della Resistenza fu trovato in seguito alle rivelazioni fatte da una persona. Per molto tempo si credette trattarsi di Prylar Bek, che infatti lasciò una piena confessione scritta prima di impiccarsi sulla Passeggiata di Terok Nor. Nel 2370 però Vedek Winn insinuò il sospetto che il collaborazionista potessa essere Vedek Bareil e che Prylar Bek fungesse solo da messaggero. In realtà fu Kai Opaka ad informare i Cardassiani, sacrificando 43 persone per salvarne 1200. Nel 2357 ci fu invece la liberazione del campo di lavoro forzato di Gallitep, dove persero la vita migliaia di Bajoriani. Gul Darhe'el, detto anche il "macellaio di Gallitep", tentò di uccidere tutti i prigionieri del campo durante la liberazione attuata ad opera dello Shakaar.
Questa cellula, che prese il nome dal leader del gruppo, Shakaar Edon, rimase attiva fino alla fine ed ebbe nei suoi ranghi il futuro Maggiore Kira Nerys. Tra le altre cellule le principali furono l'Higa Mentar, che riuniva alcuni degli scienziati Bajoriani più autorevoli, tra i quali Dekon Elig e Surmak Ren, e la Ornathia, guidata da Lenaris Holem, attualmente Colonnello della Milizia Bajoriana, nota per essere responsabile del primo raid off-world contro i Cardassiani su Pullock V. Un gruppo terrorista estremista chiamato Khon-Ma (che si opponeva alle influenze esterne negli affari Bajoriani, compreso l'aiuto della Federazione; che rivendicò l'assassinio del Primo Ministro Bajoriano nel 2369 e un membro del quale, Tahna Los, fu catturato dal personale della Federazione mentre tentava di far collassare la bocca del wormhole) continuò ad attaccare violentemente i Cardassiani (e i Bajoriani sospettati di collaborazionismo) ben oltre la loro ritirata. Questa venne dipinta come una decisione dei capi civili Cardassiani, decisione che i militari contestavano. In realtà, oltre alle pressioni diplomatiche esercitate dalla Federazione, incise molto il fatto che la maggior parte delle ricchezze minerarie di Bajor era già stata depredata. I Bajoriani sanno comunque che la decisione fu forzata anche grazie ai costanti attacchi delle loro sette al personale e all'equipaggiamento Cardassiano.
Andandosene, i Cardassiani inquinarono i pozzi, danneggiarono l'Acquedotto (l'Enterprise-D attraccò a DS9 in data stellare 46578.4 per aiutare Bajor nella ricostruzione) e distrussero le case e i templi sacri.
Questa è l'eredità che Cardassia ha lasciato su Bajor.
I Bajoriani si divisero in fazioni ed iniziarono a litigare su chi sarebbe dovuto essere a capo di Bajor libero. Venne formato un Governo Provvisorio, il quale chiese aiuto ed assistenza alla Federazione, offrendole come base la vecchia stazione mineraria orbitante Cardassiana Terok Nor, ribattezzata Deep Space Nine dalla Federazione, ed al Comandante Benjamin Sisko, inviato a comandarla.
Nel 2369, come Emissario profetizzato, egli fu fondamentale nella scoperta del Tunnel Spaziale (più correttamente chiamato il Tempio Celeste dei Profeti, abitazione delle divinità dei Bajoriani), primo wormhole stabile verso il quadrante Gamma situato nei pressi della cintura di asteroidi di Denorios, una regione di spazio da sempre evitata dalle navi. Il compito del Comandante Sisko fu di proteggere Bajor e il Tunnel Spaziale dalle azioni continue dei Cardassiani, oltre a preparare Bajor alla futura unione con la Federazione. L'utilizzo del Tunnel Spaziale fu ridotto a seguito del primo contatto con il Dominion, che controlla vaste aree del Quadrante Gamma. Il pericolo di attacchi da parte delle forze speciali del Dominion, i Jem'hadar, ridusse il commercio nella regione per diversi anni.

Sempre nel 2369 venne firmato un trattato rivoluzionario con il Comando Centrale di Cardassia, in base al quale i Cardassiani rinunciavano a qualsiasi proprietà da loro conquistata sul territorio Bajoriano. Altri documenti importanti di questo periodo furono il Proclama di Ilvian, un decreto nel quale si ordinava che tutti i Bajoriani collaborazionisti venissero esiliati a vita da Bajor (la lista dei nomi comprendeva anche tutti i membri del Governo-marionetta Bajoriano in carica durante l'Occupazione) e la Suprema Direttiva 26/45, che sancì la ritirata del Governatore Cardassiano su Bajor e il rilascio di tutti i prigionieri di guerra.
Nello stesso anno Kai Opaka moriva.

Nel 2370 l'Alleanza per l'Unità Globale (o Cerchio), una fazione di Bajoriani estremisti-isolazionisti ben organizzata e altrettanto bene armata, con l'appoggio di altri Ordini radicali e, segretamente, del Ministro conservatore Jaro Essa (che aveva a sua volta l'appoggio di Vedek Winn), cercò di prendere il controllo del Governo Provvisorio allora in carica mediante un colpo di Stato e l'occupazione contemporanea di DS9, con una spedizione guidata dal Generale Krim e dal Colonnello Day Kannu. Il tentativo fallì quando Kira e Dax riferirono alla Camera dei Ministri che il Cerchio veniva segretamente rifornito di armi dai Cardassiani, che avrebbero in seguito tratto vantaggio dalla rottura dei rapporti tra Bajor e la Federazione. Il Cerchio non era però al corrente che dietro al rifornimento di armi c'erano i Cardassiani, dato che le armi arrivavano tramite degli intermediari, i Kressari. Neppure il leader del Cerchio, il Ministro Jaro Essa, era al corrente di questo fatto. Quando il Generale Krim fu informato da Sisko del coinvolgimento dei Cardassiani nel colpo di Stato, decise di restituire il controllo della Stazione alla Flotta Stellare. Il Colonnello Day, ribellandosi alla decisione del Generale, tentò di uccidere il Comandante Sisko, ma Li Nalas gli fece da scudo col proprio corpo, perdendo così la vita.
Nel tardo 2370 si svolsero le votazioni per l'elezione del nuovo Kai. Tra i principali candidati in lizza c'erano Vedek Bareil, Vedek Winn e Vedek Tolena.
Nel 2371, poco dopo l'elezione di Kai Winn, fu firmato dalla Kai e dal Delegato Turrel un trattato, noto come Trattato Bareil, tra Bajor e Cardassia, in cui si stabiliva definitivamente la pace tra i due pianeti, includendo lo scambio di Ambasciatori, le scuse formali al popolo di Bajor, la restituzione dei Cristalli e il pagamento delle riparazioni dei danni provocati durante l'occupazione e la ritirata.
Venne definito anche un Trattato di Estradizione, che riguardava la possibilità di processare i criminali direttamente sul pianeta che aveva visto i loro crimini, ma Cardassia si rifiutò in seguito di firmare questo trattato con Bajor.
Sempre nel 2371 morì improvvisamente per un attacco cardiaco il Primo Ministro Kalem Apren. Dopo la sua morte Kai Winn ne assorbì temporaneamente i poteri, ma a causa del suo operato iniziò un'insurrezione civile nella provincia di Dahkur. Il motivo fu l'ordine di confisca da parte di Kai Winn di alcuni attrezzi per la bonifica del suolo, che il Ministero per l'Agricoltura aveva assegnato per sei mesi alla provincia di Dahkur e che Kai Winn voleva ricollocare nella provincia di Rakantha. I bonificatori servivano alla provincia di Dahkur, il cui terreno era stato avvelenato dai Cardassiani durante la Ritirata, mentre Winn voleva favorire la provincia di Rakantha che avrebbe così potuto coltivare i prodotti destinati all'esportazione. Il leader della cellula di resistenza Shakaar aiutò a risolvere la situazione. Alle elezioni successive Shakaar venne eletto nuovo Primo Ministro.
Benchè il Primo Ministro Shakaar fosse favorevole ad una veloce annessione di Bajor alla Federazione già nel 2372, attualmente questo non è ancora accaduto. Atti di violenza tra gruppi estremisti causarono un ripensamento su questa politica e, quando fu tempo di decidere, la conclusione fu che l'interesse di Bajor sarebbe stato meglio servito non diventando membro della Federazione. Comunque da quel momento Bajor ebbe un potere maggiore negli affari interplanetari e così il Governo decise che un Alleanza con la Federazione poteva portare ugualmente molti dei benefici propri dei suoi membri, senza comportare la perdita della sovranità.
Nel 2373 Sisko, come profetizzato, scoprì su Bajor B'Hala, la leggendaria antica città perduta e iniziò ad avere delle visioni. Nello stesso periodo Bajor fu accettata come membro della Federazione. Mentre la cerimonia di sottoscrizione stava svolgendosi a bordo di Deep Space Nine Sisko, dopo una visione, la interruppe, dicendo che era troppo presto e che Bajor sarebbe stata distrutta. Dopo questo intervento, la Camera dei Ministri decise di ritardare l'annessione alla Federazione per un periodo di tempo indefinito, cosa che le permise in seguito di poter firmare un patto di non-aggressione con il Dominio.
La minaccia dei Jem'Hadar e del Dominio diviene sempre più forte, i Fondatori stessi rivelano che ormai mutaforma con sembianze umane sono infiltrati ovunque nel Quadrante Alfa.
Nel frattempo su DS9, per impedire a migliaia di navi Jem'Hadar di passare dal tunnel spaziale, Sisko decise di farne esplodere l'entrata, ma un falso Julian Bashir sabotò il piano e si diresse con una bomba verso il sole di Bajor. Fortunatamente venne scoperto in tempo per evitare l'esplosione, che avrebbe distrutto l'intero sistema Bajoriano. La flotta del Dominio però non si diresse su DS9 ma su Cardassia, con la quale il Dominio si era nel frattempo alleato.
Weyoun offrì a Bajor un patto di non-aggressione, così come fece con Toliani e Romulani, e si incontrò su Deep Space Nine con Kai Winn per discuterne. Sisko inizialmente consigliò alla Kai di prendere tempo, poi di accettare il patto di non-belligeranza. Tutto il personale civile lasciò Deep Space Nine.
Sisko procedette alla preparazione del campo minato con mine autoreplicanti e occultate, ma i Cardassiani e i Jem'Hadar se ne accorsero e si prepararono a riconquistare Deep Space Nine per far saltare le mine. Sisko attivò le mine e ordinò l'evacuazione da Deep Space Nine del personale Federale e non-bajoriano.
Kira e Odo, rimasti sulla stazione, diedero il benvenuto su DS9 a Dukat e Weyoun a nome del Governo Bajoriano. Deep Space Nine tornò a chiamarsi Terok Nor. Odo, facendo valere la sua posizione di Fondatore, ottenne il ritorno della milizia Bajoriana, ben armata, sulla stazione. E' il 2374.
Kira, che aspettava che Sisko e la Federazione riconquistassero la stazione, dopo il pubblico suicidio di Vedek Yassim decise di attivarsi in prima persona contro il Dominio e i Cardassiani, e creò una sorta di cellula di Resistenza.
Dopo diversi mesi, Sisko riconquistò la stazione. L'Emissario guidò una flotta di circa 600 navi stellari e si scontrò con un'altrettanto grande flotta nemica a pochi anni-luce dal sistema Bajoriano. Il provvidenziale arrivo di alcune navi Klingon permise alla Defiant di raggiungere Deep Space Nine giusto in tempo per vedere l'esplosione del campo minato alla bocca del Wormhole.
Entrato nel Wormhole, Sisko contattò i Profeti e la sua forza di volontà fu tale che essi fecero sparire le 2800 navi della flotta del Dominio, che conseguentemente abbandonò la stazione.
Nello stesso anno, a causa della distruzione del Cristallo della Contemplazione, ad opera degli spiriti Pah-Wraiths, il Tempio Celeste si chiuse, e gli altri Cristalli si spensero. L'Emissario riuscì a porre rimedio a questa situazione quando, nel 2375, trovò il Cristallo dell'Emissario.
Ma i Pah-Wraiths erano destinati a creare altri problemi. Spacciandosi per i Profeti, per mezzo di una falsa visione contattarono Kai Winn, dicendole che avrebbero inviato una "guida". Poco tempo dopo Dukat, alterato geneticamente per sembrare un Bajoriano, si presentò su DS9. Winn lo accolse come la guida profetizzata. Dukat, senza rivelare la sua vera identità, iniziò ad influenzarla, fino a farle ripudiare i Profeti come dèi di Bajor e a farle giurare di eliminarli assieme al loro Emissario.
Spinta da "Anjohl", secondo il quale la ricostruzione di Bajor poteva iniziare solo liberando i Pah-Wraiths dalle Caverne di Fuoco, loro prigione, Winn cominciò a studiare il "Testo Proibito di Kosst'Amojan", per scoprire il modo per liberarli, ma le pagine erano bianche. Quando il suo assistente Solbor riconobbe in Anjohl Gul Dukat, e realizzò che Winn aveva tradito i Profeti, Winn lo uccise. Il sangue di Solbor rese visibile il testo del libro proibito. Winn iniziò a leggere.
Anche Dukat tentò in segreto di leggere il Testo da solo, per vedere se poteva liberare i Pah-Wraiths senza l'aiuto di Kai Winn, ma fu colpito e reso temporaneamente cieco da un fascio di energia proveniente dal libro.
Kai Winn chiese poi a Dukat di assisterlo durante l'incontro con i Pah-Wraiths e Dukat giurò di distruggere Sisko. Entrambi si recarono nelle Caverne di Fuoco, portando anche il Testo Proibito, e iniziarono a cercare i Pah-Wraiths. Qui Kai Winn diede inizio alla cerimonia e invitò Dukat a bere una coppa di vino. Ma il vino era avvelenato e Dukat morì: Winn lo aveva sacrificato ai Pah-Wraiths. Poi cominciò a cantilenare un incantesimo per chiamare gli spiriti. Dukat allora tornò alla vita, ma come Pah-Wraith. Sisko giunse alle Caverne di Fuoco, dopo aver avuto una visione dai Profeti, e affrontò Dukat. Anche Winn cercò di fermare Dukat, ma venne uccisa. Sisko e Dukat lottarono e precipitarono nel fuoco insieme al Testo Proibito di Kosst'Amojan, che fu così distrutto. Allora sua madre Sarah gli apparve, dicendogli che aveva vinto, perchè il libro era la chiave per la prigionia eterna dei Pah-Wraiths, e con la sua distruzione gli spiriti sarebbero stati imprigionati nelle Caverne per sempre. Infine, gli disse che ora era divenuto uno di loro, un Profeta.

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"No matter what the future holds, no matter how far we travel, a part of us--a very important part--will always remain here, on Deep Space Nine."

-- What You Leave Behind, Captain Benjamin Lafayette Sisko --